Pada awal berdirinya, Universitas Muhammadiyah Semarang (UNIMUS) adalah Perguruan Tinggi Kesehatan Muhammadiyah Semarang (PTKMS) yang telah berdiri sejak tahun 1982, terdiri dari 3 akademi yaitu : Akademi Keperawatan, Akademi Gizi dan Akademi Analis Kesehatan. Dengan tujuan untuk mengembangkan Amal Usaha Muhammadiyah, mulailah dirintis pendirian Universitas Muhammadiyah Semarang.
Pada tanggal 14 Agustus tahun 1999 Universitas Muhammadiyah Semarang resmi berdiri dengan Surat Keputusan Mendikbud nomor 139/D/O/1999. Berdasarkan Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Semarang nomor : No. III.B/1.a/187/2001 tentang Penggabungan Akademi-Akademi di Lingkungan Perguruan Tinggi Muhammadiyah di Semarang yang meliputi : Akademi Keperawatan, Akademi Gizi, dan Akademi Analis Kesehatan bergabung dengan Universitas Muhammadiyah Semarang.
